JR日南線木花駅は無人駅で、線路の東側に小さな駅舎が建っている。駅舎は1963年（昭和38年）に国鉄日南線が全線開通した際に建てられたもので、改修やリニューアルを重ねて使われている。木花駅は読売巨人軍のキャンプ地に近いことから、現在は駅舎が球団カラーに塗装されて「ジャイアンツ駅」として親しまれているが、以前は白い外観の駅舎だった。

かつての駅舎はシンプルながら小さな工夫が施され、ちょっと洒落た印象が漂っていた。駅舎入口の上部には半円形の飾り窓が設けられ、ステンドグラス風の装飾が施されていた。入口横の窓には上側に円弧状の庇が設けられてデザインの統一が図られていた。屋根には三角の出窓風の突起があったが、これはあくまで装飾のためのもので、窓としての機能はなかった。今も入口上側の飾り窓や窓の上側の庇はそのままだが、巨人軍の球団カラーに塗り分けられた壁面の中であまり目立たなくなってしまった。

駅の周辺は近年になって整備が施された（西口は2014年（平成26年）、東口は2016年（平成28年）に、それぞれ整備が完了し、駅前ロータリーが新設された）が、以前は駅周辺は雑然とした印象で、東口の駅前にかろうじて広場らしい場所があるだけだった。かつては改札口直結の踏切が駅舎とホームとを繋いでいたが、今では駅舎北側で東口と西口とを繋ぐ官舎踏切から直接ホームに出入りする形に改められている。