別所温泉駅は1921年(大正10年)に上田温泉電軌川西線の「別所駅」として開業したのが始まりだそうだ。1924年(大正13年)には「信濃別所駅」に改称、さらに1930年(昭和5年)になって「別所温泉駅」と改称されたものという。1939年(昭和14年)には「川西線」が「別所線」に改称、ここでようやく「別所線別所温泉駅」となったわけだ。上田温泉電軌は同じ年に上田電鉄に社名変更、その後1943年(昭和18年)に丸子鉄道と合併して上田丸子電鉄となるが1969年(昭和44年)に丸子線が廃止されて社名は上田交通と変わった。別所線も廃止の方針が示されたようだが地元の存続運動もあって廃止を免れている。現在の別所線を運営しているのは上田交通から分社化された上田電鉄で、行政の補助も受け、存続の努力が続けられている。